洛阳城外的丁零部落首领是翟斌,他是淝水战后关东最先反叛前秦的部落首领,前燕许多的旧将慕容凤、段延等人均率部前往归附他,这时见慕容垂率军过来,又都想投到慕容垂的麾下,于是劝翟斌奉慕容垂为盟主,共谋天下。翟斌素知慕容垂英勇善战,举世闻名,与其和他为敌,不如与他合兵一处,自己作为首义之臣,还可以因功封王封侯,于是遣使向慕容垂归附。
慕容垂收了翟斌之后,势力壮大,与众人计议下步的打算。慕容垂说,洛阳无险可守,不如北攻邺城,还定旧都,召集旧部,抚慰人民,匡复燕国,指日可待。众人一致同意。于是他们进攻邺城,与苻丕大战。苻丕派使者出城,到慕容垂处指责他忘恩负义,乱臣贼子,不得好死。慕容垂无言以对,放使者回城,好言相劝。战争惨烈,经过一年才攻下来,等到进入邺城,里面已经被战火摧毁了。
公元386年,慕容垂率部进入中山城。之前乐浪王慕容温一直在此营建宫室,并筹办粮草供给燕军,有力地保障着慕容垂的后方,此城在他的苦心经营下,已经颇具规模,慕容垂于是决定定都于此。慕容暐在长安阴谋袭杀苻坚不成,已经为前秦所杀,其弟慕容冲、慕容泓在关中一带建立西燕,相继称帝,又相继被杀。此时慕容氏最有资格继承帝位的,只有慕容垂了。为了兴复燕室,慕容垂在中山称大燕皇帝,分封诸子及皇族为王,以慕容宝为太子,留守中山城,执掌国政,他自己亲率高阳王慕容隆,辽西王慕容农,赵王慕容麟,太原王慕容楷,陈留王慕容绍,章武王慕容宙,乐浪王慕容温,范阳王慕容德等人分头攻城掠地,驱逐秦人,消灭叛乱。
此时西羌姚苌在渭北已经称万年秦王,史称后秦。而在关中的慕容鲜卑也发动叛乱,向长安的前秦发起攻击。此时前燕末代皇帝慕容暐在长安,其周围聚集有一批慕容鲜卑人,他们阴谋在长安城内发动叛乱,袭杀苻坚,却遭到了惨败,这一次,苻坚没有手软,杀死了慕容暐。然而兵败如山倒,苻坚最终支持不住,逃出长安向五将山避乱,竟被姚苌所俘获和杀害。慕容垂得知这个消息,为之缟素,按帝王之礼祭奠,失声痛哭,涕泗横流。“秦王不负我,我自负秦王。秦王虽非我所弑,然我亦难辞其咎。平生所负者,此一人而已。”
在关中的慕容鲜卑,攻下长安之后,内斗不断,最终慕容永夺得帝位,率众出关,割据渭北,建都长子。慕容永祖父慕容运,乃是慕容垂之祖父慕容廆之兄弟。慕容永也算是前燕之宗室,但天上岂能有东西两个太阳?鲜卑人岂能有两个皇帝?慕容垂之子慕容柔、慕容宝之子慕容盛、慕容会,其时正在西燕。慕容盛颇有识略,对叔父说:“亲疏有别,我等不能取信于西燕之君,早晚必为此处所不容。只有逃离此地,方有生路。”三人于是出逃。路遇盗贼,寡不敌众。慕容盛少年英雄,勇敢异常,如慕容翰当年一般,展其百步穿杨的出神箭术,令盗贼折服,反赠其川资。见子孙平安归来,并知其一路之艰辛,慕容垂大喜,封慕容柔为阳平王、慕容盛为长乐公、慕容会为清河公。慕容会、慕容盛两位孙子,深受慕容垂喜爱,因为他们,慕容宝的太子之位也更加稳固。
为稳固帝位,在慕容盛等出逃之后,西燕帝慕容永尽诛慕容俊、慕容垂之子孙。此时在原苻氏前秦国的疆域之内,天下大乱,有后燕、西燕、翟魏、后秦、西秦、后凉等国。一时竟出现了三个秦王:前秦、后秦、西秦。前秦王苻坚死后,其子苻丕登基。苻丕才能庸劣,不谙兵事,不思寻姚苌报仇,与西燕屡战不利,又图东晋,反被杀害。前秦皇族苻登即位,立誓为苻坚报仇。苻登与后秦争战八年,多有战胜,然因叛者众多,势单力孤,最终兵败身死。其子苻崇继立后手中无兵,投靠安定王杨定,不久俱为西秦乞伏乾归所攻灭,前秦彻底灭亡。北方在前秦的短暂统一之后,又再次陷入了大乱局。
后燕军逐渐将前秦军、东晋军逐出燕境,打败高句丽入侵,攻灭翟魏、西燕,重现了前燕最强盛时的版图。西燕的灭亡,其实是慕容鲜卑的一场关于正统之争的内斗。若论正统,前燕慕容暐及其后代全部为苻坚所诛灭。西燕人拥立的君主先后有慕容暐之弟慕容泓、慕容冲,二人之堂兄弟慕容凯,及两人之子慕容瑶、慕容忠,他们先后被叛杀。从西燕的开始,就伴随着慕容氏的不断的内斗。皇位最终落入前燕旁族慕容永之手,此时已经没有什么统一的领袖意志,慕容氏皆可为帝,甚至段氏的将军都曾被拥立为帝。西燕并入了后燕,慕容永一系被慕容垂所诛灭,然而永与垂的血脉关系如此之近,这场后燕灭西燕之战,何异于煮豆燃豆萁,一场惨烈的宗族内斗?当初淝水之战失败,慕容鲜卑人同时在各地举起反旗,谁料想最终会建立两个国家?这其中有许多人亲戚兄弟就分别在两个国家,谁是正统,孰是孰非?这是皇族的家事,老百姓怎么能知道?甚至连皇亲国戚,也都无所适从。比如北地王慕容精与兄弟慕容钟,就分别在后燕、西燕做将军,慕容钟战败投降,两人才到了一处。两燕并立八年,不可谓不长,多少人心在煎熬之中?公元394年,西燕灭亡,后燕很快就走上了一个大下坡。